Causa:

Quando for emitida uma NF-e (modelo 55) ou NFC-e (modelo 65)  e na Sefaz já existir outra NF-e autorizada com o mesmo CNPJ Emitente, modelo, série e número, mas com data de emissão, tipo de emissão, código numérico ou outras posições da chave de acesso diferentes, será retornada a rejeição "Duplicidade de NF-e com diferença na Chave de Acesso".

Exemplo:

Exemplo 1- Ao realizar o envio de uma NF-e com tipo Normal de emissão, foi identificado uma instabilidade na comunicação com a Sefaz e o retorno indicando que a NF-e foi recebida ou está em processamento não é devolvida ao contribuinte, apesar de a Sefaz ter recebido a NF-e e autorizado-a. Nessa situação, o usuário ativa a contingência e reenvia a NF-e que é recebida pela Sefaz com uma Chave de Acesso diferente. Quando a Sefaz restabelece seus serviços e recebe a NF-e com a chave de acesso diferente (tpEmis diferente) ela retorna a rejeição 539.

Exemplo 2- Foi emitida uma NF-e no ano de 2014 com a numeração 1 e série 0. No ano seguinte a mesma numeração e série foram usadas para a emissão de uma nova NF-e. Como o Ano é parte integrante a Chave de Acesso, haverá diferença e será retornado a rejeição 539.

Veja regra validação da Sefaz:

Como Resolver:

Considerando os exemplos dados anteriormente, no caso 1 é necessário que acione o suporte do TotalERP através deste link de NF-es para uma análise do problema. No segundo exemplo, será necessário alterar a numeração da sua nota, abra um chamado com nossa equipe através deste link solicitando a alteração da numeração da NF-e rejeitada.

Atenção: Esse problema costuma ocorrer com frequência em clientes que optam por utilizar dois sistemas emissores de NF-e ou clientes novos que já emitem nota fiscal por outro sistema, nesses casos é recomendado alterar a série das notas, para cada sistema seguir uma série e com isso rejeições por conta de duplicidade de NF-e não irão mais ocorrer.

Referência

Manual de Orientação ao Contribuinte.