Como resolver:
Para resolver basta informar o número da IE do remetente no CT-e, caso não tenha essa informação em mãos é possível buscar no Sintegra ou no Cadastro Centralizado de Contribuintes (CCC) para verificar qual o número da IE que está vinculada. Feita a consulta, insira a IE no CT-e rejeitado:
Acesse CT-e > Gerenciar CT-e > Edite o CT-e rejeitado.

Acesse a aba ''Recebedor'' e em seguida inclua a inscrição estadual pesquisada anteriormente.

Por fim clique em ''Salvar'' e depois em ''Transmitir''

Referência:
CT-e