Após consultar em dos sites e confirmar a numeração da IE, edite esse dado dentro do CT-e:
Para isso, acesse CT-e > Gerenciar CT-e > Edite o conhecimento.
Em seguida altere o Identificador IE para Contribuinte ICMS e em seguida informe o código da inscrição estadual do destinatário.
Feito isso clique em ''Salvar'' e depois em ''Transmitir''