Rejeição 269 - CNPJ Emitente do CT-e Complementar difere do CNPJ do CT-e complementado
Causa:
Quando for emitido um CT-e Complementar com o CNPJ emitente diferente do CNPJ do emitente do documento fiscal, referenciado, por conta disso será retornado a rejeição “269 – CNPJ Emitente do CT-e Complementar difere do CNPJ do CT-e Referenciado”.
Exemplo:
Foi emitido um CT-e com Finalidade “2 – Complementar” pelo CNPJ 99.999.999/9999-99 e informada um CT-e emitido pelo CNPJ 88.888.888/8888-88. Nessa situação, o CT-e será rejeitado pelo motivo 269.
Veja regra de validação da Sefaz:

Como resolver:
Um CT-e complementar pode ser referenciado somente por um CNPJ emissor igual. Nessa situação, deve-se verificar tanto o CNPJ do emitente quando o documento referenciado e identificar qual foi informado indevidamente.
Referência:
CT-e Manual de Orientação ao Contribuinte