Causa:
Quando for emitida uma NF-e e o Código de Enquadramento Legal do IPI não for compatível com o CST será retornado a rejeição "388 - Código de Situação Tributária do IPI incompatível com o Código de Enquadramento Legal do IPI".
Exceções a regra:
A regra de validação 388 não se aplica, em produção, para NF-e com data de emissão anterior a 01/04/2016. Exemplo:
Foi emitida uma NF-e com código enqueadramento do IPI igual à "999 - Outros / Tributação normal IPI" e com CST igual à "55 - Saída com suspensão". Sendo assim a NF-e será rejeitada pelo motivo 388.

Veja regra de validação da Sefaz:

A regra de validação 388 não se aplica, em produção, para NF-e com data de emissão anterior a 01/04/2016.
Como resolver:
Para resolver a rejeição, verifique os campos do Código de enquadramento e CST preenchido para o IPI de cada produto da NF-e e em seguida compare esses valores com as regras definidas pela Sefaz: