Rejeição 659 - CTe substituído não pode ter sido complementado
Causa
Essa rejeição ocorre quando o CT-e substituído foi complementado por outro CT-e anteriormente.
Exemplo:
Veja regra de validação da Sefaz:
Como Resolver
Verificar se Tipo do CT-e = 3 - CT-e Substituto:
O CT-e substituído não pode ter sido complementado, nesse caso deve ser informado um CT-e não complementado ou verificar outra possibilidade de emissão para o CT-e a ser substituído.
Deve ser consultado a SEFAZ do seu estado para verificar quais as alternativas para contornar o caso.
Referência